./get_16SrRNA_unique.pl
mafft trim_unique_id.fasta > trim_unique_id.mafft.fasta
FastTree trim_unique_id.mafft.fasta > fast.tre
nw_reroot fast.tre > fast.reroot.tre
nw_order -c n fast.reroot.tre > fast.reroot.order.tre

nw_display -s -v 20 -i 'fill:red' -b 'fill:blue' -w 800 -W 80 fast.reroot.order.tre >fast.reroot.order.tre.svg
./fill_svg_long_name.pl fast.reroot.order.tre.svg
convert fast.reroot.order.tre.longname.svg fast.reroot.order.tre.longname.png
convert fast.reroot.order.tre.longname.svg fast.reroot.order.tre.longname.pdf

./remove_root.pl fast.reroot.order.tre
nw_display -s -v 20 -i 'fill:red' -b 'opacity:0' -w 800 -W 80 fast.reroot.order.noroot.tre >fast.reroot.order.noroot.tre.svg
./fill_svg_long_name.pl fast.reroot.order.noroot.tre.svg
convert fast.reroot.order.noroot.tre.longname.svg fast.reroot.order.noroot.tre.longname.png
convert fast.reroot.order.noroot.tre.longname.svg fast.reroot.order.noroot.tre.longname.pdf




./mafft2stockholm.pl trim_unique_id.mafft.fasta
quicktree -kimura -boot 100 trim_unique_id.stockholm.fasta >trim_unique_id.tre
nw_reroot trim_unique_id.tre >trim_unique_id.reroot.tre
nw_order -c n trim_unique_id.reroot.tre > trim_unique_id.reroot.order.tre

#nw_display -s -v 20 -i 'opacity:0' -b 'opacity:0' -w 800 -W 200 trim_unique_id.reroot.order.tre >trim_unique_id.reroot.order.tre.svg
nw_display -s -v 20 -i 'fill:red' -b 'fill:blue' -w 800 -W 80 trim_unique_id.reroot.order.tre >trim_unique_id.reroot.order.tre.svg
./fill_svg_long_name.pl trim_unique_id.reroot.order.tre.svg
convert trim_unique_id.reroot.order.tre.longname.svg trim_unique_id.reroot.order.tre.longname.png
convert trim_unique_id.reroot.order.tre.longname.svg trim_unique_id.reroot.order.tre.longname.pdf

./remove_root.pl trim_unique_id.reroot.order.tre
nw_display -s -v 20 -i 'fill:red' -b 'opacity:0' -w 800 -W 80 trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre >trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre.svg
./fill_svg_long_name.pl trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre.svg
convert trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre.longname.svg trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre.longname.png
convert trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre.longname.svg trim_unique_id.reroot.order.noroot.tre.longname.pdf
